Als Besonderheiten der Natur und Landschaft im Nationalpark Eifel sind die ausgedehnten, durch Buche und Trauben-Eiche geprägten, Laubwälder hervorzuheben. Auch Schluchtwälder mit Sommer-Linde, Berg-Ahorn und Berg-Ulme sowie Bachtäler mit Erlen-Eschen-Auenwäldern zählen zur natürlichen Waldlandschaft des Nationalparks. Laubwälder haben ihren räumlichen Schwerpunkt in der Nordhälfte des Nationalparks. Bedeutsam sind weiterhin das Feucht- und Nassgrünland in den Bachtälern, artenreiche magere Grünlandflächen (z. B. Narzissen- und Bärwurzwiesen, Goldhaferwiesen sowie Borstgrasrasen) in den Tälern und auf der Dreiborner Hochfläche sowie kleinflächige Zwischenmoore und zahlreiche Felsen mit Farnen, Flechten, Moosen und Zwergsträuchern.

Der Kermeter ist ein Bergrücken (bis 527,8 m über NN) in der Nordeifel, mit einem der größten zusammenhängenden Laubwaldgebiete des Rheinlands. Naturnahe Buchenwälder sind dominierend. Es stellt das Kerngebiet des Nationalparks Eifel dar. Ein Mosaik aus verschiedenen Landschaftstypen bietet vielen Tierarten mit hohen Arealansprüchen wie Uhu oder Wildkatze einen guten Lebensraum.

Das Gebiet grenzt südöstlich an Nettersheim. Es ist nach dem Genfbach benannt, der von einem Erlen-Eschen-Weidenwald gesäumt ist. Das Gebiet ist ein naturnahes Sohlental. Artenreiches mageres Feuchtgrünland, Bergglatthaferwiesen und Hochstaudenfluren prägen das Erscheinungsbild. Kalkhalbtrockenrasen mit artenreichen Saum-und Gebüschgesellschaften orchideenreiche Kiefern-Eichenwälder sind charakteristisch für trockenwarme Kalkstandorte. Am Enzenberg hat sich ein Silikatmagerrasen entwickelt.

Das Gebiet liegt in der Westeifel zwischen Sistig und Krekel beidseitig der B 256 bei 590-605 m über NN. Das Gebiet erstreckt sich über mehrere Teilflächen. Ein Wechsel von Heiden, Gebüschen, Pionierwäldern und Nadelforsten, sowie repräsentative und ausgedehnte Heiden und Silikat-Magerrasen mit vielen seltenen Pflanzenarten sind im Gebiet zu finden. Seit die NRW-Stiftung große Teile des Gebiets erworben hat, wurde das Gebiet renaturiert.

Das Gebiet besteht aus dem verzweigtem Gewässersystem des Manscheider Bachs und den extensiv genutzten Grünlandflächen auf den Flächen um Hecken und Paulushof. Nasse bis magere Grünlandflächen mit natürlich mäandrierenden Bachläufen prägen das Erscheinungsbild. Naturbelassene Quellbereiche sind zu finden. Borstgrasrasen, Quellfluren, Bärwurzwiesen und kleine Sumpf- und Moorbereiche sind vorhanden. Die Größe und Naturnähe der Berg-Mähwiesen verleihen dem Gebiet eine besondere Bedeutung. 

Das Heidemoor am Moorbach gehört zu den wenigen Moorvorkommen in der östlichen Silikateifel. Das Gebiet liegt östlich von Dahlem. Dort hat sich ein wertvoller Biotopkomplex aus gut ausgebildeten Heidemoorflächen, Torfmoosbeständen und Faulbaumgebüschen sowie einem kleinen Erlenbruchwald entwickelt. Der am Westrand durch Aufstauung entstandene Löschteich ist bemerkenswert naturnah und nahezu nährstofffrei (dystroph) ausgebildet. Das Moor liegt in einem Fichtenforst. 

Das Kyllquellgebiet liegt im Nordwesten der Eifel bei 540 bis 680 m über NN. Die Kyll entspringt an der Grenzstrasse zwischen Deutschland und Belgien. Sie fließt in östlicher bis südöstlicher Richtung durch den Zitterwald. Zum Gebiet gehören die Quellzuflüsse der Kyll, Wilsam, Miesbach und Rabensiefen im Norden und Ötzlbach, Tiefenbornsiefen im Westen. Im Losheimer Wald befinden sich weitere kleine Nebenbäche. Das Gebiet zeichnet sich durch eine abgeschiedene und ungestörte Lage aus.

Das Perlenbach-Fuhrtsbachtal setzt sich aus zwei naturnah verlaufenden Mittelgebirgsbächen zusammen. Auf den extensiv genutzten Grünlandflächen in den Talauen bietet sich besonders im Frühjahr ein besonderer Anblick, denn hier befindet sich das national größte Vorkommen der Gelben Narzisse auf artenreichen Bärwurzwiesen. Auch historisch ist das Gebiet interessant: Hier gab es Streitigkeiten um die Ernte der hier ehemals häufigen und für den Perlenbach namensgebenden Flussperlmuscheln.

In der Westeifel liegt in der Nähe von Monschau das Natura-2000-Gebiet Vennhochfläche bei Mützenich. Dieses 32 Hektar große Gebiet zeichnet sich durch einen hohen naturschutzfachlichen Wert mit sehr seltenen Tier- und Pflanzenarten aus! Das Schutzgebiet gliedert sich in zwei, direkt an der belgischen Grenze gelegenen Flächen. Sie bestehen überwiegend aus renaturierten Moor- und Moorwaldflächen. Das Relief wird von natürlichen Geländevertiefungen, sogenannten "Palsen", geprägt.

Der Oberlauf der Rur prägt mit seinen zahlreichen Seitenbächen, einer naturnahen Aue und ausgedehnten Tälern das Gebiet um Monschau. Die abwechslungsreiche Landschaft und die vielfältige Flora und Fauna machen dieses Gebiet zu einem Erlebnis. Vielfältige Blühaspekte im Frühling und eine schneebedeckte Mittelgebirgslandschaft im Winter sind nur zwei der vielen Höhepunkte, die der Oberlauf der Rur im Jahresverlauf zu bieten hat.